É o 16º ano da era Meiji. Cinco anos se passaram desde que Kenshin Himura parou o levante Makoto Shishio. Embora as chamas de sua revolução incipiente tenham se apagado, as cicatrizes deixadas em seu rastro ainda são sentidas em todo o Japão. Restos de seu grupo ainda existem, embora dispersos. Alguns encontraram paz, enquanto outros continuam a lutar. Depois que uma facção restante tentou reviver a revolução, a velha espada de Shishio caiu nas mãos de Ashitarou Hasegawa, um menino órfão que nunca conheceu um lar. O conflito também deixa Aran Inoue, um jovem de 16 anos meio japonês e meio americano, e uma garota mercenária chamada Asahi Kubota com um alto preço a pagar, sem nenhum outro lugar para ir. Mas, felizmente para esses indivíduos, o Kamiya dojo sempre foi um lugar que aceita moradores de rua sem se aprofundar em seu passado.
